ההחלטה על איזה מערכת הפעלה לבחור היא בהתאם למתכנת האתר. במידה והאתר נבנה על ידי
שימוש בקוד פתוח (מערכות ניהול תוכן של וורדפרס, דרופל או ג’ומלה) תבחר בדרך כלל שרתי לינוקס.
חבילות אחסון מבוססות Windows ברוב המקרים עולות הרבה יותר מחבילות דומות אשר מבוססות
על מערכת ההפעלה לינוקס. הסיבה המרכזית לכך היא עלות הרישיון שחברת האחסון נדרשת לשלם
מכיוון שיש לשרתי חלונות כתובת (מייקרוסופט ) התמיכה הכללית היא הרבה יותר קלה מלינוקס.
היתרון המשמעותי של שרתי חלונות הו שהדרייברים, התוכנות והפיצרים מסופקים על ידי מיקרוסופט
כמו כן, השרת מתופעל בצורה קלה הרבה יותר משרתי הלינוקס אשר קשה יותר לתחזק אותם
אך אם מדובר בפיתוח ייחודי על .NET תבחר בחבילת אחסון על גבי שרתי חלונות.
למיקרוסופט.
לכן זמן ההתקנה, ההגדרה וההפעלה של השרת היא קצרה מאוד.
ותפעולם השוטף דורש התערבות של אנשי מקצוע בתחום.
רוב החברות מציעות חבילות אחסון אשר תומכות בשפת ASP.NET , שפת .NET , XML ומסדי נתונים
מסוג Access או MySQL.